Skogsindustriernas verksamhet är indelad i avdelningar som arbetar med näringspolitik och marknadsföring av trä.
Skogsindustriernas näringspolitiska verksamhet är organiserad i avdelningarna näringspolitik, forskning och innovation, bransch- och marknadsanalys samt kommunikation. I Skogsindustrierna ingår även Svenskt Trä och Träbyggnadskansliet som arbetar för att öka användning av och byggande i trä liksom sekretariatet för forsknings- och innovationsprogrammet BioInnovation. Även Mistra Digital Forest ingår som är ett forskningsprogram som ska ta tillvara digitaliseringens möjligheter för skogsbruket.
Ekonomi, IT, personalfrågor, omvärldsbevakning, medlemsservice och övrigt verksamhetsstöd hanteras av servicebolaget Arbio AB, som Skogsindustrierna äger tillsammans med Trä- och Möbelföretagen, Gröna Arbetsgivare och Grafiska Företagen.
